La recolección debe realizarse a primera hora de la mañana, evitando el primer chorro de orina.
La orina recolectada en el frasco no debe ser tocada ni por los dedos ni por ningún otro objeto.
Antes de tomar la muestra es necesario lavar los genitales con agua y jabón (sin antisépticos).
Una vez recolectada la muestra debe sellarse y enviarse inmediatamente a su procesamiento.
Para resultados fidedignos, la muestra sólo puede permanecer a temperatura ambiente menos de 1 hora y hasta 4 horas si está refrigerada.
En cuanto a la recolección de la orina:
Para lactantes menores de 24 meses, es recomendable realizar la toma por sondaje vesical o punción supra púbica por el alto índice de contaminación de la toma por bolsa colectora.
También pueden usarse métodos no invasivos, como la toma del chorro medio o la bolsa colectora.
En niños continentes se puede obtener la muestra de orina por chorro medio.